6x01 Zod
Clark, babasının suçlular için kurduğu Phantom Zone adlı yerde kapana kısılmıştır. Lex’in içindeki Zod ise dünyayı yeni bir Kripton yapmak için uğraşmaktadır.



6x02 Hapşırık
Zod olayından sonra Clark yeni bir gücünü keşfeder. Lois, yeni bir iş bulur, Lana, Lex ile ilişkisinde yeni bir adım atar. Lex ise yeni bir tehlike ile uğraşmak zorundadır. Ve eski bir arkadaşı Metropolis’e gelir.



6x03 Solmak
Zodun kontrolü altındayken sebep olduğu tahribattan dolayı hala suçluluk hisseden Lex, yardım toplamak amacıyla bir kıyafet balosu düzenler. Lois partiye milyarder Oliver Queenle gitmeyi istemese de teklifini kabul eder. Öte yandan Clark ve Chloe yavrulamak için erkeklerin bedenlerine tohumlarını eken dişi bir yaratığın peşindedir. Yaratık, Jimmyye saldırınca işler kızışır. 



6x04 Ok
Lois bir yardım gecesinde “Green Arrow” (Yeşil Ok) kostümü giymiş bir adamın Marthanın boynundan eşine az rastlanır bir elmas kolyeyi çaldığına tanık olur ve hırsızın kim olduğunu bulmaya kendi kendine söz verir. Clark da kendi payına düşen araştırmayı yapar ve Yeşil Ok kılığındaki adamın aslında milyarder Oliver Queen olduğunu ve adamın Robin Hood gibi zenginlerden çalıp fakirlere verdiğini keşfeder. Bu arada Lex, Lananın sadakatini ölçmek için Lioneldan yardım ister 



6x05 Kavuşma
Lex ile Oliver mezunlar toplantısı için eski okullarına geri dönerler. Ancak Oliver’ın eski arkadaşları (Lex’in eski düşmanları) gizemli şekillerde ölürler. Bu sırada Clark, birinin ya da bir şeyin onunla birlikte Phantom Zone’dan kaçtığını öğrenir.



6x06 Radyoaktif
Phantom Zone’daki kaçışından sonra, Raya, Clark’ı ziyarete gelir. Phantom Zone’dan kaçan Baern da Clark’ı aramaktadır.



6x07 Öfke
Oliver'ın garip davranışlar sergilmesi yüzünden endişelenen Clark ve Chloe neler olduğunu araştırırlar. Sonunda Oliver'ın yaralarını iyileştirmek için yüksek dozda bir ilaç kullandığını öğrenirler.



6x08 Durağan
Phantom Zone’dan kaçanlardan biri, Seaatle’da bir gemi mürettebatını öldürür. Bunu öğrenen Clark onunla bulmaya gider. Bu sırada Lex’in deneklerinden biri LuthorCorp labaratuarından kaçar ve intikam almak için malikaneye gider ve Lex’i tuzağa düşürür.



6x09 Yeraltı
Göçmen bir işçi çalıştığı yerden kaçmasına yardım etmesi için Clark’a gider. Çalıştığı çiftlikte karanlık bir sır vardır.



6x10 Hidro
Lana, Chloeye Lexle evlenmek konusunda tereddütleri olduğunu çünkü hala Clarka karşı bir şeyler hissettiğini söyler. Ancak Daily Planetın dedikodu yazarı Linda Lake duyduklarını gazetede yayınlar. Konuştuklarını Lindaya kendisinin anlatmadığını kanıtlamak isteyen Chloe ise iş arkadaşı hakkında araştırma yapar ve kadının kendini suya dönüştürme yeteneği olduğunu keşfeder. 



6x11 Adalet
Oliver Queen, Clarkın süper güçlere sahip arkadaşları Arthur Curry, Bart Allen ve Victor Stoneu da alarak Smallvillee döner ve gizli Luthorcorp laboratuvarını etkisiz hale getirmek üzere harekete geçer. Tesise girildiğinde Bart yakalanır ve Lex tarafından işkence yapılır. Clark onu kurtarmaya çalışırken bir meteor taşı tarafından engellenir. Bunun üzerine Chloe telaşla yardım için Olivera gider ve ekip Clark ve Bartı kurtarmak için harekete geçer. 



6x12 Labirent
Clark, ahırdaki saldırının ardından gözlerini açtığında kendini bir akıl hastanesinde bulur ve kendisine doğaüstü güçleri olduğuna inandığı bir fantezide yaşadığı için beş yıldır orada tutulduğu söylenir. 



6x13 Kızıl
Lois kırmızı kriptonit maddesinden yapılan bir ruju kullanınca birdenbire Clarka karşı konulmaz hisler beslemeye başlar ve harekete geçer.İkisi öpüşünce kırmızı kriptonit Clarka geçer ve onu daha gözü kara yapar. Clark bu yeni haliyle Lex ve Lananın nikah yemeğine giderek Lana'yı kaçırır. 



6x14 İzinsiz
Lana peşindeki sapığını ortaya çıkartabilmek için beklenmedik bir mekanda saklanır. Bu sırada Jimmy, Chloe2nin hala Clark’a karşı bir şeyler hissettiğini düşündüğü için Chloe’den ayrılır.



6x15 Freak
Meteor yağmurundan dolayı kör olan Tobias adındaki bir çocuğun yeteneği meteordan etkilenmiş kişileri görebilmektir. Lex, bu çocuğun yeteneğini bu insanları bulmak için kullanmaktadır. Lana ise bu yeteneği öğrendiğinde Clark’ın sırrını öğrenebilmek için Tobias’a gider.



6x16 Promise
Clark ve Lana düğün konusunda ikinci kez düşünmeye karar verirler. Bu sırada Lana’nın hamileliği hakkında bilgiye sahip olan doktor Lex’i zor duruma sokar.



6x17 Combat
Clark ve Chole internetteki bir dövüş klübünde dövüşen Titan adında bir hayaeletin izini bulurlar. Lois burada iyi bir hikayede olduğunu düşünür ve kendini ringte dövüşürken bulur. Clark ise Titan’ın karşısına çıkar.



6.18 Progeny 
Lex, Chloe’nin annesi Moira’nın meteor çarpmalarından etkilenmiş kişileri kontrol edebildiğini öğrenince, onu akıl hastanesindeki katatonik durumundan uyandıracak bir ilaç geliştirir. Ardından da Moira’yı kendisine yardım etmediği takdirde Chloe’yi öldürmekle tehdit eder. Clark, annesiyle yüzleşmesi ve onu kurtarmasında Chloe’yi yalnız bırakmayacaktır



6-19 Ceza

Özel Kuvvetler’de görevli bir askerin eşi olan Jodi, Lex’in gizli laboratuvarlarından birindeki bombayı patlatır. Lionel ciddi şekilde yaralanır, Lex de öfkeli eş tarafından rehin alınır. Lex’in kocasını kaçırdığını iddia eden Jodi, onun nerede olduğunu söylemezse tüm laboratuvarı havaya uçuracağını söyler. Bunun üzerine Clark, Lex’i kurtarmak için harekete geçer, ancak güçlerini etkisiz hale getiren duvarlar onu zor durumda bırakacaktır.



7.20 Noir

Dizinin bazı sahneleri siyah-beyaz çekilerek “film noir” havası verilen bu özel bölümünde Jimmy, 1940’lı yıllarda Smallville’de hayat nasıl olurdu onu görür. Bu arada Lionel’la gizli bir görüşmenin ardından Lana, Daily Planet gazetesinde kimliği belirsiz bir nişancı tarafından vurulur. Jimmy ise 1940’ların Smallville’yle ilgili fotograflara bakıp hayaller görürken bilincini kaybeder. Jimmy’nin kafasındaki Smallville’de Lana kocası Lex’i öldürten tehlikeli güzel bir kadın, Clark Daily Planet’ta çalışan bir gazeteci ve Lois de Lionel’ın işlettiği barda çalışan bir şarkıcıdır. Bu arada gerçek hayatta Clark, Lana’nın Lex’le niye evlendiğini keşfeder.



 
6x21 Prototype
Lex, Afganistan’da savaşta öldüğü sanılan Wes Keenan’a elde ettiği özel DNA’lardan enjekte ederek onu gizlice bir süper askere dönüştürmeye çalışmaktadır. Ancak bir senatör Lex’i gizli laboratuvarlarını afişe etmekle tehdit edince, Lex de onun üzerine Wes’i salar. Fakat Wes’in senatöre saldırdığını gören Lois, bu süper askerin bir sonraki hedefi haline gelir. Bu arada Clark da Lana’yı Lex’i terk etmesi için ikna etmeye çalışmaktadır.


6x22 Phantom
Lionel’ın Lana’ya Lex’le evlenmezse Clark’ı öldüreceğini söylediği artık Clark için gizli bir bilgi değildir ve Lionel’ı son kez susturmak üzere harekete geçer. Bu arada Lana da Lex’e ayrılmak istediğini söyler. Öte yandan Lex gizli laboratuvarlarında süper askerlerden oluşacak ordusunu kurmak üzere yaptığı çalışmaların son evresine gelmiştir ve birileri onu durdurmak zorundadır. Bu konuyla ilgili araştırma yapan Lois güvenlik görevlilerinden biri tarafından bıçaklanır. Chloe ise gizli güçlerini nihayet keşfedecektir