3-1 SÜRGÜN
Kırmızı kriptonitin etkisi altındaki Clark, Metropoliste günlerini suç işleyerek geçirmektedir. Öte yandan ailesi ve arkadaşları çaresizce onu bulmaya çalışmaktadır. Lex bir kum adasında kendi karabasanları ile yüzleşirken, Lionel öldüğü sanılan oğlu için cenaze töreni düzenler. Jonathan Kent ise oğlunu geri getirebilmek için ağır bir bedel ödemek zorundadır. 



3-2 ANKA
Clark, kendisinde babasını öldürme güdüsü yaratan kırmızı kriptonit yüklü yüzüğü nihayet bir kenara atarak etkisinden kurtulur ve Smallvillee geri döner. Aynı zamanda Lex de kendiyle yüzleşerek sorunlarından arınmıştır. Clark, kendisini Smallvillee kadar takip eden suç efendisi Morgan Edge ile uğraşmak zorunda kalacaktır. Bu arada Lex kendisini kimin öldürtmeye çalıştığını bulmak için kolları sıvar; iki şüphelisi vardır: Lionel ve Helen. 



3-3 SOYU TÜKENME
Kriptonite mahruz kalan herkes öldürülüyor..!


3-4 UYUKLAMAK
Clark rüyasında yardımına ihtiyaç duyan korkmuş bir kız tarafından takip edildiğini görür. Ancak sonradan kızın yıllar önce uyanmış olması gereken komada bir hasta olduğunu öğrenince gerçekleri ortaya çıkarmak için Lananın yardımını ister. Fakat bu Lanayı umulmadık bir tehlikenin içine atacaktır. Öte yandan Lionel, Lexi işe almadan önce geniş çaplı bir psikolojik değerlendirmeden geçmesini ister 

3-5 PERRY
Kariyeri Lionel Luthor tarafından yok edilmiş olan bir zamanların umut vaadeden gazetecisi Perry White, dünyadışı varlıklarla ilgili haber yakalamak amacıyla Smallvillee gelir. Sürekli alkollü olmasına rağmen Clarkın inanılmaz bir süratle hareket ettiğinden emin olan Perry, Clarkın olağanüstü güçlerini ortaya çıkarmak için çok tehlikeli bir plan yapar. Öte yandan Lex, Perrynin Lionelın geçmişi ile ilgili çok önemli bilgilere sahip olduğunu öğrenir 

3-6 HATIRA
Clark, Jor-Elin kırk yıl önce dünyada olduğunu keşfeder. Bu arada Lananın amcası, yine kırk yıl önce karısını öldürmekten hüküm giymiştir ve Lanaya esas katil olduğunu düşündüğü kişinin resmini gösterir. Resim tıpatıp Clarka benzemektedir. Adamın aslında Jor-El olduğundan emin olan Clark, araştırmaları sonucu geçmişi görmesini sağlayan bir madalyona ulaşır. 


3-7 MAGNETiK
Lana okulda bir çocuktan hoşlanmaya başlayıp isyankar davranışlar sergileyerek hapse girince, Clark durumdan şüphelenmeye başlar ve Lananın hoşlandığı gencin manyetik güçleri olduğunu, eşyaları yerlerinden oynatıp insanların duygularını değiştirebildiğini keşfeder. Ancak Lanayı etkisi altında olduğu güçten kurtarmaya çalışınca, hiç ummadığı bir tepkiyle karşılaşacaktır. 

3-8 KIRILMA
Lex, Morgan Edgein yerini belirler ve Lionella yaptığı kirli işleri itiraf etmesini sağlar. Ancak elindeki bilgileri yetkililere veremeden birisi onu malikanede öldürmeye çalışır. Kendisini zorlukla kurtaran Lex, Clarkın yardımını ister. Ancak araştırma yapmak için malikaneye dönen Clark her şeyin yerli yerinde olduğunu görür ve tüm bu olayların gerçekte olup olmadığından şüphe etmeye başlar. 


3-9 SIĞINAK
Clarkın eski düşmanlarından üçü Lionelın, Lexe elektroşok tedavisi yapılarak hafızasının silinmesini istediğini öğrenince, Lexi bularak Clarkı hastaneye getirtebilmek için yardım isterler. Ancak işler umulduğu gibi gitmez, çünkü niyetleri başkadır. Lexe yardım etmedikleri gibi kriptonit kullanarak Clarkın da doğaüstü güçlerini çalarlar. Diğer taraftan Lana hastanede son derece gizemli bir yabancıyla tanışır. 

3-10 FISILTI
Clark bir soygunu engelleme amacıyla gözlerinden ısı ışınları çıkarırken ışınlar bir parça kriptonite çarpar ve gözüne geri yansır. Geçici olarak kör olan Clark, kısa sürede vücudunun bu durumu telafi etmek için işitme duyusunu kuvvetlendirdiğini farkeder. Ancak sorun şudur ki tıpkı güçlerini yeni yeni tanımaya başladığı dönemlerdeki gibi bu becerisini de kontrol altına alana kadar uzun bir süre geçecektir. 

3-11 SiL
Summerholt Enstitüsünden kendilerine ulaşan gizemli e-mail üzerine harekete geçen Clark ve Lana, nedeni anlaşılamayan sebeplerden dolayı Chloenin hayatına kasteder. Uzun süredir laboratuvarla ilgili araştırma yapan Chloe, burada insanların düşüncelerini kontrol etme üzerine çalışmalar yapıldığını ortaya çıkarmıştır. Chloenin tüm bu sebeplerden dolayı kendisini öldürmeye çalıştıklarını anlatması üzerine Clark, e-maillerin kaynağını bulmak üzere kolları sıvar. Diğer taraftan Lana, Adamın geçmişiyle ilgili tehlikeli bir sır gizlediğini düşünmesine rağmen kafenin üstündeki dairesini ona yine de kiralar. 

3-12 SONRASI
Clark, eski okul arkadaşı Jordanın geleceği görebildiğini keşfeder. Ancak Jordan birkaç gün içinde Lananın bir yangında öleceğini gördüğünü söyleyince Clark dehşete düşer. Diğer taraftan Chloenin, Adamla ilgili şüpheleri yersiz değildir. Onun geçmişini araştıran Chloe birtakım rahatsız edici sırları açığa çıkartır

3-13 VELOCITY
Pete sokak yarışı yapmayı reddedince bunu düzenleyen zorbalar onu tehdit etmeye başlar. Bunun üzerine Pete, Clarktan özel yeteneklerini kullanarak onları durdurmasını ister. Petein kendisini bu pozisyona sokmasına sinirlenen Clark, hem Petei kurtarmak için bir yol aramak hem de bir yandan sırrını gizli tutmak zorundadır. Diğer taraftan Jonathan, Jor-Elle yaptığı anlaşmanın sonuçlarına katlanmak zorundadır.

3-14 SAPLANTI
Clark güçlerini okula yeni gelen Alicia adlı kızın önünde kullanmak zorunda kalır. Ancak Alicianın da kendi güçleri olduğunu görünce oldukça şaşıracaktır. ikisi birbirlerinin sırrını bildiği için aralarında güçlü bir bağ oluşur. Ancak Alicia, Clarkı başkalarıyla özellikle de Lanayla paylaşmak istememek konusunda takıntılı hale gelince işler çirkin bir hal alır. Diğer taraftan Lana, Lexten Adam hakkında araştırma yapmasını ister. 

3-15 DİRİLİŞ
Clark, babasının ameliyat edilmesini beklerken, erkek kardeşi Vincei karaciğer yetmezliğinden kaybeden Garrett adında genç bir çocukla arkadaş olur. Ancak Vince birdenbire kendisinde hastalıktan eser kalmamış bir şekilde ortaya çıkınca herkes büyük şaşkınlığa uğrar. Kardeşini hayatta tutmak için her şeyi göze alabilecek durumda olan Garrett, vücuduna bir kriptonit bombası bağlar ve Jonathanın karaciğerinin Vincee verilmesini ister. 

3-16 KRiZ
Lana panik içinde Clarkı arar, ancak Clark ne olduğunu öğrenemeden telefon hattı kesilir. Fakat Clark Talona vardığında Lananın hiçbir şeyi olmadığını görünce çok şaşırır. Bir süre sonra Clark aslında telefonun birgün sonrasına ait olduğunu fark eder ve Adamın Lanayı vuracağını öğrenir. 

3-17 MiRAS
Jonathan tuhaf davranışlar sergilemeye başlayınca Clark, Jor-Elin ona anahtar aracılığıyla bir takım mesajlar gönderdiğine ve babasının aileden uzaklaşmasındaki esas sebep olduğuna inanmaya başlar. Clark biyolojik babasıyla yüzleşmek üzere mağaralara iner, ancak Lionel onu orda görür ve kafasındaki parçalar yavaş yavaş yerine oturmaya başlar. Ancak kısa süre içinde Lionelın gizli amaçları su yüzüne çıkacaktır

3-18 GERÇEK
Chloe nereden geldiği bilinmeyen kripton gazını yanlışlıkla içine çeker. Bu olay ilginç bir değişikliğe yol açar. Kendisiyle iletişime geçen herkes için bu gaz bir çeşit gerçeklik serumu görevini görmeye başlar. Bunun üzerine Chloe, Clark ile ilgili sırrı öğrenmek için Kentlerin evine gider. Ancak onun bu yeni gücü ölümcül tehlikeler de barındırmaktadır. Clark, Chloe kendisiyle ilgili gerçekleri öğrenmeden bir an önce gazın panzehirini bulmak zorundadır 

3-19 HATIRA
Hafızası silindiğinde babasının geçmişi ile ilgili çok önemli bilgilerin kaybolduğuna inanan Lex, Dr. Garnerla beraber henüz deney aşamasındaki bir programa katılarak hafızasını yeniden geri getirmeyi ummaktadır. Amacı babasıyla ilgili gerçekleri anımsayarak onu FBIa teslim etmektir. Eğer hafızası yerine gelirse Lexin kendisiyle de ilgili gerçekleri hatırlayacağından endişelenen Clark onu engellemeye çalışır. Ancak Lionel ve doktor onu durdurur ve Lexle aynı tedaviye girmeye zorlar. 

3-20 TILSIM
Genç bir Kiwatche kızılderilisi olan Jeremiah Holdsclaw kabile mağaralarından birinden efsanevi bir bıçak çalar ve Clarkınkilere benzer doğaüstü güçler kazanır. Aslında Jeremiahya göre kendisi Naman adlı yıldızlardan düşen adam olduğuna inanılan bilgenin çağlar öncesinden söylediği kehanetin gerçekleşmesini sağlamıştır. ilk iş olarak bıçakla Lionelı öldürmek üzere yola koyulur. Clark ise kendisiyle ilgili gerçekleri ortaya çıkarmadan Jeremiahyı durdurmak zorundadır. 

3-21 TERKETMEK
Clark sonunda Lanaya kendisiyle ilgili gerçekleri söyleme kararı alır. Böylece nihayet beraber olabileceklerini ummaktadır. Bu arada bir FBI ajanı Petei kaçırıp ona işkence ederek Clarkın sırrını söylemeye zorlamaktadır. Lex de panik içindedir, çünkü FBI ona babasını ele verecek bilgi vermesi için 24 saat süre tanımıştır. Aksi takdirde tutuklanarak hapse atılacaktır. Ancak hiç umulmadık bir yerden gelecek olan yardım onu biraz da olsa rahatlatacaktır. 

3-22 TAAHHÜT (Sezon Finali)
Kriptonlu güzel ve özel güçlere sahip bir kız olan Kara, Clarkı baştan çıkarır ve babasıyla kendisine katılmasını sağlar. Jonathan, Jor-El ile yaptığı anlaşmayı açıklar. Bu arada Pete kasabadan ayrılmıştır. Tek desteği olan Pete de gidince Clark tek başına mücadele vermek zorundadır. Bu arada Clarkın, Lex ve Lanayla olan ilişkilerinde yaşadığı beklenmedik gelişmeler onu kimsesiz bırakmıştır ve gidecek Karadan başkası kalmamıştır.